接着第三部结束来讲，黑暗星球因为太阳石发生了爆炸在这一部发生了很大的蝴蝶效应。流亡在地球上的黑暗星球首领到底有没有死，这也是个谜。不过这个已经不重要了，这一部的反派该Q星球登场了。

因为黑暗星球的爆炸，Q博士的牛庄空间站被冲击到一个信息真空地带，黑暗星球的黑匣子（一个长得像闹钟的东西）砸到了这一部的主人公不平凡的头上，导致步平凡重度昏迷。步平凡的父母将步平凡的病症发到网上寻求帮助，步平凡的同学这个时候也坚信快乐星球的存在，分头去破译快乐星球的密码，这件事惊动了快乐星球。老顽童派棒棒和防火墙去救步平凡，由于棒棒和防火墙的粗心，步平凡少吃了一粒急救药丸，虽然最后醒来了，但从他身上却发生了许多不可思议的事情。步平凡经常做梦梦到牛庄空间站，甚至还梦到了跟他们老师一模一样的孔先生、第一部丁凯乐学校的校长、第二部艾克的班主任欧阳老师和身穿清朝官服的黑暗星球首领。实际上，牛庄空间站是真实存在的，但乐乐的校长、欧阳老师、孔先生和黑暗星球首领只是在步平凡的梦里出现，并非牛庄空间站的人。

牛庄空间站里的人实际上都是地球人，Q博士也是地球人。Q博士很有可能是地球上某个国家的一位科学家，因为厌倦地球人的人际复杂关系利用一次去外太空的机会，建立了Q星球，就再也没有回到地球。Q博士的理想就像西方神话传说里的诺亚方舟一样重整地球秩序，他绑架了一些地球人，并通过洗脑送进了牛庄空间站以古代人的身份生活。黑暗星球的大爆炸，牛庄空间站失去了Q博士的控制。黄金星球的飞船在太空中出了事故再次撞击牛庄空间站，牛庄空间站再次改变运行轨道，向一个宇宙黑洞靠近。

与此同时，步平凡和他的同学陶小龙、童彤和段小西失踪来到了牛庄空间站（实际上是Q博士搞的鬼）。步平凡和同学们去牛庄学堂寻找失控隧道，他们在学堂中发现了一个救生球，但是救生球只能坐一个人，步平凡来到快乐星球想办法救同学们，陶小龙为了回地球尽将牛庄空间站的中枢控制系统给毁了，牛庄空间站在12小时后将与地球相撞，老顽童想办法挽救地球。

步平凡通过棒棒的梦想成真机回到了牛庄空间站。步平凡拿者老顽童编制的新程序使牛庄空间站恢复了正常的运行轨道。小Q和大Q也通过轨道进入了牛庄空间站，由于小Q拥有自主学习功能，不愿助纣为虐，于是和大Q起了分歧。大Q在毁灭前摧毁了牛庄空间站的程序，牛庄空间站继续向地球撞击过去。就在千钧一发之际，步平凡将闹闹中的芯片插入程序，挽救了地球，牛庄空间站将沿着黑暗星球的轨道来运行。步平凡终于和同学们回到了地球，牛庄空间站的那些人虽然知道了自己是地球人，甚至还有一些记忆残留，但他们表示已经习惯了牛庄空间站的生活，不愿回到地球，小Q也留在了牛庄空间站。Q博士来到了牛庄空间站，毁坏了牛庄空间站的控制系统，向快乐星球撞去。

快乐星球这一次应该没有被毁掉，不然就没有大电影和第五部了。