电影设定上是人死后（脑死亡）脑电波会存留（这种理论其实很早就有了），火车上的人死后脑电波会存在很长一段时间，甚至影响常人的脑电波。男主就是通过接收这些脑电波进而构建一个遇害者死亡前八分钟的世界，然后在炸弹爆炸前找到炸弹客。

以下是个人理解。男主在没有经历脑死亡的情况下，脑电波被博士等人利用在“源代码”程序里，结局上尉在被按下终止按钮之后死亡，他的脑电波就相当于“自由”了，能够和其他人的脑电波一起组成一个由脑电波互相影响的新世界，这也是他在设定的八分钟之后还能存在“意识”的原因。个人认为这部电影的内涵不在于提出一种平行时空存在的可能，而是构建出一种人死后的“意识”在被人为影响下可能以量子的形式继续生活的愿景。这也是这部电影最美的地方。